โรงเรียนบ้านดอนสั้น ก่อตั้งเมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม พ.ศ. 2500 ในวันที่ทำการเปิดเรียนนั้น มีนายสวัสดิ์ พรหมดิเรก และนายองอาจ เลขาตระกูล ผู้ช่วยศึกษาธิการอำเภอเมืองศรีสะเกษ มาทำการเปิด มีครูทำการสอน 1 คนคือ นายสุพล ศรีสุรักษ์
ต่อมาเมื่อวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2502 ทางราชการได้สั่งให้นายเกียรติ สืบทรัพย์ มารักษาการครูใหญ่และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่เป็นคนแรก ในปีเดียวกันนั้นได้ย้ายโรงเรียนมาสร้างในที่ราชพัสดุเป็นอาคารชั่วคราว โดยได้รับความร่วมมือจากชาวบ้านและคณะครูในกลุ่ม ได้ร่วมกันเสียสละทรัพย์ ต่อมาได้รับเงินซ่อมแซมของจังหวัดและเงินบำรุงท้องที่ โดยทางการได้จัดซื้อวัสดุให้ชาวบ้านและคณะครูในโรงเรียนได้ช่วยกันเสียสละแรงงานกั้นฝา และตีฝ้าเพดานเสร็จเป็นที่เรียบร้อย
เมื่อปี พ.ศ. 2520 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนถาวรแบบ ศก.02 จำนวน 1 หลัง ด้วยงบประมาณจำนวน 75,000.- บาท เสร็จเรียบร้อยนักเรียนจึงได้เรียนที่อาคารถาวร
ในปีการศึกษา 2524 ได้รับเงินงบประมาณจาก กสช. เป็นจำนวนเงิน 20,000 บาท ได้สร้างถังเก็บน้ำฝนขนาดใหญ่ แบบ ฝ.33 ตามโครงการ เพื่อเก็บน้ำฝนไว้ให้นักเรียนได้ดื่มกินตลอดปี
โรงเรียนบ้านดอนสั้น ในปัจจุบันมี นายเศรษฐาวิทย์ สีหะวงษ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนคนปัจจุบัน เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับอนุบาล ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวน 8 ห้องเรียน ผู้ปกครองนักเรียนส่วนใหญ่ประกอบอาชีพเกษตรกรรม